1961
GPEI didirikan pada tanggal 21 Februari 1961 dengan nama Gabungan Perusahaan Ekspor Indonesia Sementara (GPEIS) oleh Menteri Perdagangan Republik Indonesia, Bapak Arifin Harahap. Keputusan ini dicatat dalam Surat Keputusan Menteri Perdagangan Republik Indonesia No. 784/M. Pada awalnya, organisasi ini adalah GPEIS (Gabungan Perusahaan Ekspor Indonesia Sementara).
1966
Pada tanggal 29 November 1966 nama GPEIS berubah menjadi GPEI berdasarkan Keputusan Menteri Perdagangan Nomor 167/SK/XI/66 tentang perubahan nama dari GPEIS (Gabungan Perusahaan Ekspor Indonesia Sementara) menjadi GPEI (Gabungan Perusahaan Ekspor Indonesia) yang ditetapkan di Jakarta oleh Menteri Perdagangan RI, Bapak D. Ashari.
Era 2000
Terjadi dualisme kepemimpinan di Dewan Pimpinan Pusat GPEI pada tahun 2000-an. Namun sesuai dengan Putusan Mahkamah Agung RI Nomor 1087/K/Pdt/2013 dimenangkan oleh DPP GPEI Kepengurusan H. Benny Soetrisno.